Badan Permusyawaratan Desa adalah lembaga perdujudan demokrasi dalam penyelenggaraan pemerintahan Desa. BPD adalah lembaga yang melaksanakan fungsi pemerintahan yang anggotanya merupakan wakil dari penduduk Desa berdasarkan keterwakilan wilayah dan ditetapkan secara demokratis. BPD bertugas melakukan evaluasi laporan keterangan penyelenggaraan Pemerintahan Desa. Evaluasi laporan merupakan evaluasi atas kinerja Kepala Desa selama 1 tahun anggaran. Pelaksanaan evaluasi dilakukan berdasarkan prinsip demokratis, responsif, transparansi, akuntabilitas, dan objektif. BPD mempunyai wewenang untuk membahas rancangan peraturan Desa bersama kepala Desa, melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan peraturan Desa, mengusulkan pengangkatan dan pemberhentian kepala Desa, membentuk panitia pemilihan kepala Desa, dan menyusun tata tertib BPD.

Keanggotaan BPD di Desa Bonto Daeng ini merupakan hasil musyawarah Desa. Dengan masa jabatan BPD 1997-2010 yang diketuai oleh H. Nurdin M. Dalam menjalankan tugasnya, BPD Desa Bonto Daeng dibantu oleh seorang Sekertaris yang diusulkan oleh Kepala Desa dengan persetujuan BPD melalui Surat Keputusan (SK) Bupati. BPD dianggap cukup menjalankan peran dan fungsinya. BPD sudah mampu memfasilitasi aspirasi masyarakat Desa, baik yang terkait dengan pelaksanaan pembangunan Desa yang dilakukan oleh pemerintah Desa maupun hal-hal lainnya yang berhubungan dengan kebijakan ditingkat Kabupaten Bantaeng.