Desa Bonto Daeng dahulu merupakan suatu kampung kecil, keberadaan tempat tinggal atau rumah penduduk masih terpencar-pencar yang diberi nama Kampung Pa’lipungan, tepatnya pada tahun 1920 yang dipimpin oleh Jannang Puro’ atau biasa juga disebut Kepala Kampung. Dua belas tahun kemudian tepatnya pada tahun 1932 Kampung Pa’lipungan diubah menjadi Kampung Tamaona yang berarti Tama’onang’ artinya di kampung ini masalah-masalah yang muncul silih berganti dan hampir tidak ada ujung pangkalnya, masalah kecil bisa menjadi besar dan tiada habisnya.

Struktur Pemerintahan Desa Bonto Daeng pada awal mula berdirinya dimulai dari Desa Persiapan, kemudian diresmikan menjadi Desa defenitif berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Sulawesi Selatan Nomor 1462/XXI/Tahun 1998 pada tanggal 29 Desember 1998 yang terbagi dalam dua dusun yaitu : Dusun Tamaona dan Dusun Lembang-lembang dimana Pejabat Kepala Desa pertama pada saat itu adalah Bapak Syamsuddin Bin H. Samiun. Seiring berjalannya waktu jumlah penduduk semakin meningkat maka Desa Bonto Daeng yang pada mulanya hanya dua dusun, akhirnya dibagi menjadi 4 (empat dusun) yaitu : Dusun Tamaona, Dusun Bungayya, Dusun Borong Tangnga, dan Dusun Lembang-lembang.

Setelah masa jabatan Bapak Syamsuddin berakhir pada bulan Februari Tahun 2005, maka diadakan Pemilihan Kepala Desa kedua kalinya, dan pada pemilihan tersebut Bapak Nawir, S.Ap. terpilih menjadi Kepala Desa dan mendapat kepercayaan untuk memimpin Desa Bonto Daeng Periode 2005-2010. Pada tahun 2018, ketika Bapak Nawir, S.Ap. menjabat Kepala Desa untuk periode ketiga, Dusun Lapparaka diresmikan. Sehingga terdapat 5 (lima dusun) di Desa Bonto Daeng.

Dalam wilayah Desa ini sejak tahun 1965 pendidikan Sekolah Rakyat (SR) sudah masuk, selanjutnya pada tahun yang sama (1965) diubah menjadi Sekolah Dasar (SD) yang ditempatkan di bawah kolom rumah warga. Pada tahun 1967 dibangun sekolah semi permanen yang terbuat dari kayu, sekolah ini dipakai selama tujuh tahun. Atas instruksi Presiden Republik Indonesia sekolah tersebut diubah menjadi Sekolah Dasar Inpres Tamaona tepatnya tahun 1974. Selanjutnya pada tahun 1980 SD Inpres Tamaona di bangun secara permanen beserta tiga unit perumahan guru, kemudian pada tahun 1986 karena sekolah sulit dijangkau oleh dusun lain khususnya Dusun Borong Tangnga dan Lembang-Lembang maka pemerintah berinisiatif untuk membangun SD Inpres Paranga pada tahun 1982 yang masih digunakan sampai sekarang.

Penyusunan visi Desa Bonto Daeng mengacu pada visi dan misi kepala Desa terpilih dengan beberapa referensi lain yang melibatkan seluruh elemen yang menegdepankan tingkat partisipatif dan musyawarah. Desa Bonto Daeng memiliki Visi dan Misi sebagai berikut:

Visi:
"Terwujudnya masyarakat Desa Bonto Daeng yang sehat dan sejahtera yang mengarah pada kemajuan dan keadilan dengan berlandaskan pada nilai-nilai agama dan budaya lokal".
Untuk dapat memperjelas arti dan makna yang terkandung pada VISI tersebut di atas, maka saya akan menguraikannya sebagai berikut :
1. Sehat, dapat diartikan bahwa setiap warga Desa Bonto Daeng berhak atas penghidupan yang produktif baik secara sosial maupun ekonomi.
2. Sejahtera, dapat diartikan bahwa tersedianya lapangan kerja tetap bagi masyarakat, meningkatnya taraf hidup petani dan profesi masayakat lainnya dalam rangka pemenuhan kebutuhan kehidupan diri dan keluarganya sehingga posisi masyarakat menjadi lebih bernilai.
3. Kemajuan, dapat dimaknai bahwa Bonto Daeng harus menjadi Desa yang semakin baik ke depannya yang dapat berdaya saing baik dari aspek Sumber Daya Manusia, Pelayanan Masyarakat, Teknologi, Ekonomi Masyarakat dan pada aspek kehidupan lainnya.
4. Keadilan, dapat diartikan bahwa segala proses penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan Desa harus berjalan dengan tanpa membedakan setiap hak warga Desa. Hal ini dapat dilakukan dengan cara pemberdayaan masyarakat melalui strategi pelibatan penuh masyarakat yakni mulai dari proses perencanaan, pelaksanaan, pemantauan, evaluasi dan pemeliharaan.
5. Nilai-nilai Agama, dapat dimaknai bahwa setiap aktivitas yang dilaksanakan oleh aparatur pemeritah Desa Bonto Daeng dan masyarakat Desa Bonto Daeng dapat mencerminkan prilaku hidup terpuji sebagai perwujudan dari nilai-nilai agama.
6. Budaya Lokal, dapat diartikan bahwa dalam kehidupan bermasyarakat senantiasa kita untuk saling Sipakainga, Sipassirikki, Sikapaccei, Sikamaseang, dan Sipassamaturukki agar tali persaudaraan tetap kokoh sehingga dapat menjadi kunci kesuksesan dalam membangun Desa Bonto Daeng yang kita cintai bersama.

Misi:
Misi merupakan pernyataan yang menetapkan tujuan instansi pemerintah dari sasaran yang ingin dicapai. Pernyataan ini membawa pemerintah Desa kepada suatu fokus dalam mencapai tujuan tersebut. Misi menjelaskan mengapa organisasi itu ada, apa yang dilakukannya dan bagaimana melakukannya. Misi adalah sesuatu yang dilaksanakan / diemban oleh instansi pemerintah sebagai penjabaran dari visi yang telah di tetapkan. Dengan pernyataan misi diharapkan seluruh pihak berkepentingan dapat mengenal instansi pemerintah, peran dan fungsi masing-masing. Pernyataan misi yang jelas akan memberikan arah dan jangka panjang dan stabilitas dalam manajemen dan kepemimpinan Desa Bonto Daeng. Berikut ini adalah misi Desa Bonto Daeng untuk mendukung pencapaian visi yang tersebut di atas:
1. Mewujudkan sumber daya manusia yang berkualitas
2. Mewujudkan pemenuhan kebutuhan dasar masyarakat
3. Mewujudkan peningkatan infrastruktur Desa secara berkualitas dan merata
4. Mendorong peningkatan etos kerja pemuda dalam mewujudkan produktivitas kelompok pemuda
5. Mewujudkan pengembangan ekonomi kerakyatan yang produktif dengan berbasis pada potensi lokal Desa Bonto Daeng
6. Optimalisasi penguatan BUMDES sebagai pilar ekonomi Desa
7. Mewujudkan lingkungan hidup yang sehat, bersih dan aman
8. Mendorong lahirnya prestasi-prestasi dikalangan pemuda baik pada bidang olahraga maupun pada bidang lainnya
9. Mendorong keaktifan kelembagaan pemerintahan dan kelembagaan kemasyarakatan Desa
10. Mewujudkan peningkatan partisipasi masyarakat dalam penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan Desa
11. Mewujudkan sistem informasi Desa secara merata dan memadai
12. Optimalisasi tata kelola pemerintahan Desa
13. Mewujudkan sistem pelayanan masyarkat yang prima
14. Optimalisasi sarana dan prasarana tempat ibadah
15. Mendorong keaktifan kegiatan keagamaan dan pelestarian nilai-nilai budaya lokal Desa Bonto Daeng